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李興旺教授和李國亮教授課題組在植物三維基因組學研究技術取得新進展
發布時間:2020-11-18

11月14日,我校作物遺傳改良國家重點實驗室李興旺教授和李國亮教授課題組在Trends in Plant Science在線發表了題為“Technologies for Capturing 3D Genome Architecture in Plants”的綜述文章。

三維基因組學是基因組學研究的熱點前沿領域之一。目前,以人類細胞系和動物細胞為研究對象,生物學家已經開發了很多高通量的三維基因組學研究技術。其中一些技術體系已經成功應用于植物三維基因組學研究。

植物三維基因組學研究技術

植物三維基因組學研究技術

李興旺教授和李國亮教授課題組致力于三維基因組學和表觀基因組學研究。前期,課題組與合作者以人類細胞系和動物細胞為研究材料,先后開發了Long-read ChIA-PET和Digestion-Ligation-Only Hi-C (DLO Hi-C)。2019年,課題組首次在玉米和水稻中建立Long-read ChIA-PET技術體系,并描繪了玉米和水稻的三維基因組圖譜。2020年,李興旺教授和李國亮教授課題組與楊芳教授課題組合作,用DLO Hi-C技術描繪了玉米雌雄穗的三維基因組圖譜。

鑒于課題組在植物三維基因組學領域的取得的系列研究進展,Trends in Plant Science雜志邀請課題組撰寫Technology of the Month的綜述文章,介紹植物三維基因組學的研究技術。綜述文章介紹了3C,Hi-C,in situ Hi-C,DLO Hi-C,ChIA-PET和HiChIP等應用于植物三維基因組學研究的技術,并闡述了如何應用這些技術解析的植物基因組的三維結構,特別關注了ChIA-PET和Hi-ChIP檢測的染色質環(chromatin loop)結構。文章還提出目前植物三維基因組學研究技術的優勢以及面臨的挑戰,對未來植物三維基因組學技術的開發以及三維基因組結構的解析具有啟示意義。

我校生命科學技術學院博士研究生歐陽維枝和肖琴為綜述文章共同第一作者,李興旺教授和李國亮教授為綜述文章共同通訊作者。相關工作得到國家重點研發計劃、國家自然科學基金和作物遺傳改良國家重點實驗室開放課題的資助。

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