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生物信息團隊發布首個多作物參考面板數據庫
發布時間:2020-11-11

<p>多物種遺傳變異數據庫</p>

多物種遺傳變異數據庫

近日,我校信息學院生物信息團隊在Nucleic Acids Research中發表題為“Plant-ImputeDB: an integrated multiple plant reference panel database for genotype imputation”的研究論文。該研究通過收集包括水稻,玉米、小麥、油菜和棉花等12個重要農作物的遺傳變異信息,構建了植物中首個多物種的高質量遺傳參考變異庫,為植物遺傳育種研究提供了寶貴資源。

基因型填充(Genotype imputation)是根據參考面板(reference panles,又譯參考集)中的單體型和基因型對目標樣本中缺失基因型的估計填充過程?;蛐吞畛淇捎行г黾訂魏塑账岫鄳B性(SNPs)密度,因此被廣泛用于相對便宜和低密度的SNP芯片的填充以進行大規模全基因組關聯研究(GWAS)。然而,大多數植物缺乏高質量的參考面板,這極大限制了基因型填充在植物中的應用。

為克服這一限制,研究團隊開發了植物遺傳參考變異庫--Plant-ImputeDB,數據庫整合了包括水稻,玉米、小麥、油菜和棉花等12個重要農作物的遺傳變異信息和全基因組重測序數據(包括34,244個樣本的約6,990萬個SNP的遺傳變異信息),構建了植物中首個多物種參考面板的綜合數據庫。該數據庫提供在線的基因型填充,支持SNP和基因組block兩種方式搜索、瀏覽并提供相應數據下載,同時接受不同類型的基因組變異數據的提交,提供對所有公開可用數據的免費和開放訪問,以支持全球范圍相關研究。

信息學院碩士研究生高英杰、博士研究生楊植全、楊文倩為論文并列第一作者,牛曉輝副教授、楊慶勇副教授和龔靜教授為論文共同通訊作者,博士研究生楊彥波參與了研究工作,該研究成果得到中央高?;究蒲袠I務費、國家重點研發計劃、華中農大科技創新基金等項目資助。

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